問題の事案は一体何だったのでしょうか？
単一ファイル（考えられませんが）なのか？
ハイパーリンクなのか？
ブックマークレットだったのか？
コレも提示してくれたら後続の参考に成ったでしょう。

[quote="kyanpi"]設定をリセットとプラグインの無効したところ、
メッセージが表示されなく、解決したみたいです。
問題だったところが不明ですが、ご協力していただきありがとうございます。[/quote]
明らかですね。
問題の原因は、
・リセットされた設定
・無効にしたプラグイン
・それら2つの組み合わせ
です。

設定をリセットとプラグインの無効したところ、
メッセージが表示されなく、解決したみたいです。
問題だったところが不明ですが、ご協力していただきありがとうございます。

この問題が発生するのは、JavaもしくはJavascriptの利用したプログラムを実行時におきます。
他のブラウザーを利用時には、この問題が発生しません。
以前のfirefoxは、この問題が起きませんでしたが、昨年の夏以降にバージョンアップしてから
この問題が発生しました。解決するために、プラグインをインストールしましたが、
解決されず、現在にいたるところです。

それはjavascriptファイル(.js)ではなく、いわゆる、ブックマークレット(ブックマークの一種)ではないの？

ttp://
をアドレスバーに入力して開こうとしたときに出る警告と一緒だとお思いますが。
いかがでしょうか？

同じなら、通常は何もしなくても
javascript:
で始まるブックマークレットは機能します。


とりあえずプロファイルの作り直しなどで改善されるかご確認を。
[url=http://support.mozilla.org/ja/kb/Basic%20Troubleshooting]基本的なトラブルシューティング[/url]

質問へのお答えにありがとうございます。
その中にOSについてご質問がありましたが、
OSはwindows　XPのSP2です。
一度試させて頂きます。

javascriptは一般的にHTMLと同じテキストファイルです。
表示自体はFirefoxでも可能ですが、HTMLで埋め込まれたコードの実行はファイル単体ではしません。
OSが不明ですが、Windowsならスタート～既定のプログラムから「ファイルの種類またはプロコロルのプログラムへの関連付け」でjavascriptファイル（.js）をFirefoxに関連付けすれば中身を表示はします。

一応どう云う状況で表示されたのかをOS名と併せて提示すれば的確な回答が寄せられるかも知れません。
憶測ではハイパーリンク関係と踏んでますが・・・

javascriptというプロトコルはどのプログラムにも関連付けられておらず、Firefoxでこのアドレスを開く方法が分かりません。

このようなメッセージが表示されます。解決方法を教えてください。