おぉ〜！！
表示されました！

有難うございます :D

自己解決しました
march05nさんもぜひやってみて下さい。
https://support.mozilla.com/en-US/kb/latest-firefox-issues#w_icons-missing-in-the-bookmarks-menu
より引用しました。

Icons missing in the Bookmarks menu

Icons (favicons) for bookmarks in the Bookmarks menu may be missing after updating to Firefox 9. To restore them:

In the Location bar, type about:config and press Return.
The about:config "This might void your warranty!" warning page may appear. Click I'll be careful, I promise!, to continue to the about:config page.
In the filter section type, image.mem.decodeondraw
Double-click the entry that results to change it's value to "False"
Fix Favicons
Close the tab

私も全く同様の症状です。

ブックマークメニューより、プルダウンする場合のみ消えています。
「全てのブックマークを表示」画面（ウィンド？）では見えています。

環境
　Mac OS X　ver.10.6.8
　MacBook Pro 2.2GHz Intel Core i7
　Firefox　ver.9.0.1

Mac Book Pro2.66GHz (MC373J/A)
Mac OS 10.6.7

2011年12月20日にFirefox 8から9.0.1にアップデートしたらツールバーの｢ブックマーク｣をクリックした時、フォルダーのファビコンはあるのですが、個々のサイトのファビコンが全部消えてしまいました。
テーマは標準のままです。
アマゾン、宅ファイル便のサイトだけはなぜかファビコンがあります。元々ファビコンのないサイトには四角い点線のファビコンがあります。
階層に関係なく個々のサイトのファビコンが消えている状況です。

ブックマークツールバーのファビコンと、右端にある｢ブックマーク｣からは全てのファビコンが以前のように問題なく表示されています。

｢履歴とブックマークの管理｣ではちゃんとファビコンの表示があります。

トラブルシューティングにあったCookie とキャッシュを消去するをしてみましたが、ファビコン表示ができませんでした。
Firefox7から8へのアップデート時は問題なくファビコン表示もできていました。