Hideさん書き込み&再現ありがとうございます。

さっそくPRAMをクリアーして起動してみたのですが、ダメなようです。
システム環境設定／ディスプレイパネルから「ウィンドウを集める」を実行しても
残骸すら表示されませんでしたが・・・

メイン画面ではきちんと機能しているのですから、
非常に残念ですが今後も動向をチェックしたいと思います。

MacBook Pro (13-inch, Mid 2009) / Mac OS X 10.6.7 に Apple Cinema Display 21' を接続して試してみました。

デュアルディスプレイ環境でのシステム起動直後では質問された問題は再現しなかったのですが、Firefox 5 のメインウインドウと共にダウンロードマネージャとページソースを表示した状態でシステム環境設定／ディスプレイパネルから「ウィンドウを集める」を実行したところ、問題を再現しました。

おっしゃっているようにウインドウには表示されませんが、メニューにはダウンロードマネージャもページソースも表示されていますし、ウインドウの右上あたりに（なんとなく）残骸があるような感じですので、デスクトップエリアの表示可能領域から外れたところに有るのだと思います（たぶんですけど(^^;

で、この後の挙動がイマイチ判りませんが、Finder を強制終了するとダウンロードマネージャは表示できるようになりました。が、ページソースは表示されません（なぜか）
そこでシステムを再起動すると、正常に表示されるようになりました。
私の環境での問題回避方法は上記のとおりですが、機種に依存するかもしれません。

効果があるか解りませんが、PRAMをクリアするとか、OnyX 等のシステムメンテナンスアプリケーションを使い、ユーザのキャッシュ等を削除してみてはどうでしょうか？

Ryoさん重ね重ねありがとうございます。

ハードウエアアクセラレーション機能を使用する(可能な場合)をはずして
チェックしてみました・・・表示されませんね(; ;)ホロホロ
セーフモードでも同様です。
相変わらず、ウインドには項目が増えているのでどっかにいってるのでしょうか。

環境としては
システムのバージョン： Mac OS X 10.6.7 (10J869)
カーネルのバージョン： Darwin 10.7.0

チップセットのモデル： ATI Radeon HD 5870
種類： GPU
バス： PCIe
スロット： Slot-1
PCIe レーン幅： x16
VRAM（総量）： 1024 MB
製造元： ATI (0x1002)
装置 ID： 0x6898
リビジョン ID： 0x0000
ROM リビジョン： 113-C0780C-194
EFI ドライバのバージョン： 01.00.436
ディスプレイ：
PTFBLF-19W：
解像度： 1440 x 900 @ 60 Hz
ピクセル深度： 32 ビットカラー（ARGB8888）
ミラー： 切
オンライン： はい
回転： 対応
CG241W：
解像度： 1920 x 1200
ピクセル深度： 32 ビットカラー（ARGB8888）
主ディスプレイ： はい
ミラー： 切
オンライン： はい
回転： 対応
ディスプレイコネクタ：
状況： ディスプレイが接続されていません

使い勝手が悪いため一時FireFox3.6に切り替えたのですが、
できればアップデートしたいのですけどね。

PC用モニタは持っていないのですが､
液晶TVは有る事に気が付いたので確認してみました｡

結果 ; 特に問題無し｡

環境 ;
MacBook Pro (Mid 2007) 15" 2.4GHz [液晶TVとは DVI <=> HDMI 接続 ]
Mac OS X( Snow Leopard:10.6.7 )
Firefox v5.0

液晶TV(サブ画面)上のウィンドウで､『ページのソース』を開くショートカット(コマンド ＋ U )を押下すると､
メイン画面(MacBook Pro)の方に表示されますが....｡

と云う事で､GPU の違いによるものなのか､判りませんです^_^;｡

ところで､ Firefox の 環境設定 の 以下のチェックを外したら､どうなるのでしょうか?
詳細 > 一般 > ブラウズ > [b][color=red]ハードウエアアクセラレーション機能を使用する(可能な場合)[/color][/b]

Ryoさん書き込みありがとうございます。

英語がダメなのできちんと理解できていませんが、
何となく同じ内容なことはわかりました。

FireFox4もまったく同じ症状でした。
気にはなっていたのですが、ここまで致命的だと
感じなかったので放置しておりましたし、
すぐに3.6に戻してしまったので（汗）

仕事用なのであまりいじりたくないのでこのまま放置ですかね（笑）
今後の動向に期待ですかね。

一応､以下のモノとしてbug登録されている様ですが､進展は無い様です｡
[url=https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=650374]Bug 650374 - Sub windows like view source, downloads, etc do not open with dual monitor setup[/url]

Firefox 4 の際は ､大丈夫だったのでしょうか?

自分は､外部モニタを持っていないので確認出来ませんが､
GPUハードウエアアクセラレーションあたりが関与しているかもしれませんが､
良く判りません^_^;
( 何か ､about:config から 設定変更 出来た様な ...... )

はじめまして、MacPro 10.6.7環境下（ Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.6; rv:5.0) Gecko/20100101 Firefox/5.0）で使っています。旧バージョン（3.6）を削除後（プロファイルも削除）5.0をインストールしました。

2画面のうちメイン画面ですと「新規ウィンドウ」や「ダウンロードウィンド」「ブックマークウィンド」が開くのですが・・・サブモニターだと全く表示されません。
ウィンドには項目が表記されているのでが、どこにも表示されません。
サブモニターでのダウンロードもおかしくなっているようですし・・・

これは何が原因なのでしょうか？？
同じような症状の方はいらっしゃいますか？？