[size=100][color=blue]※質問するときは、[url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum]フォーラムの利用に関するご案内[/url] 、とりわけ [url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum#2]質問するときは[/url] に目を通し、Firefox のバージョンだけでなく OS の種類とバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えましょう。[/color][/size]

横から失礼します。別の角度からです。

fireユーザー さんのケースには当てはまらないかもしれませんが、[url=http://forums.mozillazine.jp/faq.php?mode=forum#1]このフォーラムを検索する[/url] と下記のように関連性のあるトピックが出てきます。
よかったら参考にしてみてください。
（検索結果の一例）
・[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=11482][解決済み] Firefox4のブックマークと履歴システムが動作していないようです[/url]
・[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=11525]ブックマークと履歴が残らない[/url]

もしも Google ツールバーを使用されていて、しかも最新版（つい先頃までの最新版は 7.1.20110316W ？）ではない場合、新しいバージョンの Google Toolbar 7.1.20110512b (Firefox 用) が出ているようですから、試してみるのもひとつの方法かと思います。
[size=100]　　｜ ぼくは Google ツールバーを常用していないので試してはいませんが...。
　　｜ Google ツールバーには、最新版のほうが不安定、といった前歴が何度もあります。
　　｜ まあ大丈夫だとは思いますが、そのへんは少しだけ注意してください。[/size]

とりあえず以上です。外してたらすみません。

そうです。
現在の問題が発生してるprofileは温存して構いませんが、問題の事案が確認されるかどうかの判断付の為に新規profileをprofileManagerを使って設定し、其のprofileを使ってFirefoxを起動し、ブックマークの追加を実行しての確認に成ります。
profileManagerからの起動が面倒ならショートカットを新たに作成し、該当するprofileへの引数を追加したショートカットをデスクトップにでも設置すれば良いでしょう。

プロファイルを新しく作成するということでしょうか？

真新しいプロファイルでも同様でしょうか？
[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/Managing%20profiles]プロファイルの管理[/url]

質問お願いします。

最新バージョンの４．０．１にバージョンアップした後から
ブックマークを追加しても反映されなくなりました。

毎回、トラブルシューティング情報→フォルダを開く→places.sqliteを削除
places.sqliteを削除してから追加しないと反映されません。
整理したり、ブックマークを削除してもplaces.sqliteを削除してからじゃないと反映されません。

よくある質問？の通りに、読み取り専用にもチェックは入れていません。

対応策はありませんか？

よろしくお願いいたします。