私なら以下を実行します。
chaikaの名称を持つファイルの残骸が無いのかの確認で、profileのextensions内を確認や、about:configを検索。
在ったら削除やリセット。

本来はセーフモードや新規profileでの確認です。

早速の返信ありがとうございます。
chaikaが対応していないとのことでしたので、削除しましたが
依然２ちゃんねるをfiirefox4でひらこうとしても上記の注意書きウィンドウが開き見れません・・・。
プラグインの更新なども全て試してみたのですが、他に考えうる対応策が御座いましたらご教授願います。

> chaika(1.5最新版)

きちんと対応していない可能性があります。
http://chaika.xrea.jp/index.php/2011-03-23/1-5-0/

2ちゃんねる関係のアドオンは　chaika(1.5最新版)　を使っております

ありがとうございます。返信が遅れまして申し訳ないです。
質問にお答えさせていただくと、

・Firefoxの起動は問題がなく、ブックマークなどから2chを開こうとすると出る。(2ch以外は問題なく見れる)
つまり他のサイトリンクから２ちゃんねるへ飛ぶときにページが開かない状態です。

必要な基本情報については以下をご覧ください。
[url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=6009]フォーラムの利用について [投稿する前にお読みください][/url]

そのほか、アドオン(今回の場合は、2ch関連のアドオン)をご利用なら、名称やバージョンを。


> ２ちゃんねるのスレをひらこうとしれも下記の注意ウインドウが開いて見れません
というのは、
・Firefoxの起動は問題がなく、ブックマークなどから2chを開こうとすると出る。(2ch以外は問題なく見れる)
・2chを起動時のホームページに設定していて、Firefoxの起動からできない。
どちらでしょうか。


動作不全時は以下を実行し、改善されるかを確認。
[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/Basic%20Troubleshooting]基本的なトラブルシューティング[/url]

２ちゃんねるのスレをひらこうとしれも下記の注意ウインドウが開いて見れません

アプリケーションの初期化に失敗しました。
設定->パスの指定が間違っている可能性があります。
[undefined]

Windows XP
firefoxバージョン4.0.1最新です
他になにか必要な情報があれば載せますので
どなたかご教授いただけませんか？
一応、ググっては見たのですが有力な情報が得られず質問させていただきました。