>Firefox 3.6 から のFirefox 4.0 へのプロファイル移行は､自分の経験から難しいと思います｡
私も、プロファイルの引き継ぎは、色々な不具合の原因になると感じました。
新たにプロファイルを作り直して、アドオンを全てFirefox 4.0 対応のモノにした時は、問題なく使用できましたので。
但し、3.6台の時のように、ソフトウェアの更新で4.0が快適に使用できるなら、楽だと思ったのですが。

>仕様が かなり変わっているので､過去に試用したadd-onの設定がFirefox 4.0 では悪さを引き起こす事も有ります｡
確かに、そうですね。色々とアドオンを入れていましたので、表題の原因になっているかもしれません。

他のPCでは、新規で4.0を導入し、一度作成したプロファイルをコピーする事にしました。
今の所、3.6を捨てきれず、MultiFirefoxで、3.6と4.0を両立して使っております。

ご回答有難う御座いました。大変参考になりました。

しかし、皆さんは、3.6からの更新で、不具合なく使用されているのですかね。
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使用ハードウエア ; Intel Mac [ MacBook Pro (Early 2011) 15" 2.2GHz 8GB MacBook X2 (Mid 2007) 13" 2.16GHz 4GB ]
使用OS ; Mac OS X( Snow Leopard:10.6.7 )
Firefox ; v3.6.16, v4.0

Firefox 3.6 から のFirefox 4.0 へのプロファイル移行は､
自分の経験から難しいと思います｡
仕様が かなり変わっているので､過去に試用したadd-onの設定が
Firefox 4.0 では悪さを引き起こす事も有ります｡
また､ Firefox 3.6 では動作していた add-on自体もFirefox 4.0 に対応したバージョンではないと
不具合を引き起こします｡

現在､使用しているadd-onは､全てFirefox 4.0 対応のモノでしょうか?
全てFirefox 4.0 対応のモノでも､不具合がでるのであれば､
新たにプロファイルを作り直して対応した方が､今後の事を考えた際に有効だと思います｡

Xmarksを利用しているのであれば､新規プロファイルにした後に
新規プロファイルのMacのを上書き?(復元)する様にしたら 如何なのでしょうか?

Firefox 3.1.16は3.6.16の誤りです。

MacでFirefox 3.1.16からFirefox 4.0へ更新でアップグレードしましたが、ブックマークサイドバーにブックマークが表示されなくなりました。
また、Xmarksでのブックマークの同期に失敗します。
新規にプロファイルを作成して、アドオンを一から入れ直すと問題ないのですが、他のPCもと考えると面倒です。
このような症状が皆さんには出ていないでしょうか。