ありがとうございます。
厳密には、Firefox Sync 1.6.0の時はこの症状は生じておらず、しかも、ここに書き込んでから、つい最近1.6.2に更新されました（Mac版もWin版も）。それでも、リストをみるとFirefox Syncが怪しいですね。
bookmarkが消えると本当にめげるので、とりあえずMacの方を無効化してみました。それでWinの方に異常がでるようならWinの方も無効化して様子を見ます。

　
[quote="ぴよ彦"]【Apple PowerBookG4 867/15 M8858J/AにMac OS X 10.4.11(Tiger)】と【FMV-LIFEBOOK（FMV-7000NA5）にWindows 2000】でFirefox 3.6.xを使い、アドオンのSyncでブックマークや履歴の同期をとってきました。

症状が現れ始めたのは、Firefox 3.6.13にして、そしてSyncを1.6.1にしてからです。[/quote]
アドオンの [url=https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/firefox-sync/]Firefox Sync[/url] を使い始めてから起きている現象ならばこのアドオンが問題を起こしていると見て
いいでしょう。

Firefox Sync をキーワードにバグ検索すると以下のリストがヒットします。
[url=https://bugzilla.mozilla.org/buglist.cgi?query_format=advanced&short_desc=Firefox%20Sync&short_desc_type=allwordssubstr&resolution=---]Bug List / Summary: Firefox Sync[/url]

アドオン Firefox Sync を無効化するか削除して問題が再現しなければ Firefox Sync が原因でしょう。
それでも問題が再現するようであればプロファイルに何かしらの問題が起きていることが考えられますので
新規プロファイルで確認してみることをお勧めします。
　
[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E7%9A%84%E3%81%AA%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%96%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0#os=win&browser=fx35]基本的なトラブルシューティング | Troubleshooting | Firefox Support[/url]
[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/Handtering+av+profilar]プロファイルの管理 | Troubleshooting | Firefox Support[/url]
[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB]プロファイル | Troubleshooting | Firefox Support[/url]
　

[quote="ぴよ彦"]
これは[b]Firefox自体のバグ[/b]だと理解していいんでしょうか？[/quote]
上に書いたとおりです。

てっきり、アドオンの「MultirowBookmarks Toolbar 5.0」（Bookmarks Toolbarを２段・３段に増やすアドオン）のバグかと思って、無効化に設定して更新を待っていました。

が、bookmarkが勝手に入れ代わったり消えたりする症状は治まりません :cry:

これは[b]Firefox自体のバグ[/b]だと理解していいんでしょうか？

使い慣れた「MultirowBookmarks Toolbar」がないとかなり不便なので :(

バグです。
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=545647

修正をお待ちください。

こんばんは。
直接のお答えにならないかもしれませんが、同じ症状で困っているので、私のFirefox使用環境を書いておきます。

【Apple PowerBookG4 867/15 M8858J/AにMac OS X 10.4.11(Tiger)】と【FMV-LIFEBOOK（FMV-7000NA5）にWindows 2000】でFirefox 3.6.xを使い、アドオンのSyncでブックマークや履歴の同期をとってきました。

症状が現れ始めたのは、Firefox 3.6.13にして、そしてSyncを1.6.1にしてからです。

並び順が変わるだけでなく、WinではちゃんとあるのにMacの方ではフォルダ階層のブックマークが中身丸ごと消えたりします。その逆もあります。どこにも見つかりません。ブックマークしても「重複しています」アラートも出ません。また、Macではちゃんと分類されているブックマークが、Winではなんの共通性もなく「未整理のブックマーク」にバラバラになって移っていたりします:cry:

仕方ないので、本当に重要なブックマークはYahoo!ブックマークやlivedoorクリップに入れています。

返信ありがとうございます。
並べ替えないになっていました‥

ブックマークの管理で一度全部消して並べたい順番にドラッグアンドドロップしていったら、３，４回開きましたが今のところ大丈夫なようです。

でも原因がわからないのでこのまま何もおきないことを祈ります（汗

ブックマーク～ブックマークの管理～表示～項目の表示順序は「並べ替えない」にしてますか？

ブックマークツールバーによく使うブックマークを何個か入れているのですが、自分の好きなように並び替えて、ブラウザを閉じてまた開くとブックマークの順番がめちゃくちゃになっています。

順番がめちゃくちゃになった状態でブラウザを閉じて開いても、並び順は変わりません。
自分で並び替えた後だけ並び順がおかしくなります。

原因がわかる方がおられましたらどうかアドバイスよろしくおねがいします。