レジストリーのほうは確認されましたか?
>今度は起動するたびにfresh_download_8_38.exeを開く(保存)というウィンドウが表示されるようになってしまいました
Firefoxを起動するたびに、
ということでしょうか?
アドレスバーにabout:configと入力、フィルターにfreshと入力、何か引っかかったら、それがfreshdownloadに関連するようなものだったら削除。
わからなければ、新しいプロファイルを作り直してみてください。
http://support.mozilla.com/ja/kb/%E3%83 ... 1%E7%90%86
これでもだめならAさんが書いているとおり、OSの入れなおしが一番かもしれません。