質問はこれですよね？[quote="cheekim"]・firefoxを3.5　ー＞　3.6にした直後から動作が不安定、セーフモードでしか起動しなくなった。[/quote]
そして Firefox 本体の再インストールにより、Firefox 単体で起動した場合は問題は起こらなくなったのかと思ったのですが、その後の[quote="cheekim"]今でも全然思うように動かせません。
アドオンとか、firefoxの環境が個人的にとても好きなので、メインのマシンで
使えない状況が大変ストレスです。[/quote]という状況が、今一つ分からないのですが。

# かなりヘビーなアプリケーションを複数起動しておられるようですが、実装 RAM は十分でしょうか？

投稿内容を見る限りでは、pal さんもおっしゃっているように OS 側の不具合、または他の起動アプリによる影響のように思えますが。
まずは問題を切り分けてみましょう。
[b]● Firefox 単体で起動した場合、不具合が再現するかを確認[/b]
[list][*]不具合がなければ、他のアプリや常駐ユーティリティなどの影響、RAM 不足など
[*]不具合が再現し、セーフモード起動で問題が無ければ、インストールしたアドオンの影響
[*]Firefox の新規プロファイルを作成し、アドオンをいっさい入れない状態で不具合が再現するかを確認、問題が無ければアドオンをインストールし直す。[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/Managing+profiles]プロファイルの管理[/url][/list]
[b]● 他のアプリと同時に起動すると問題が起こる[/b]
[list][*]その他のアプリがインストールしたプラグインなどを疑ってみる
[*]実装 RAM 不足や HDD の空き領域が少な過ぎるなど
[*]不具合が発生する組み合わせを探ってみる[/list]
[b]● iPhone の同期を行っていると Firefox が落ちる[/b]
[list][*]iPhone の同期問題の情報は Apple サイトやウェブ上に多く見つかるので、検索して対処してみる[/list]
ちなみに、[quote="cheekim"]・アプリの設置先を別の場所に移動してみる。[/quote]
特に必要で無い限り、デフォルトインストール先の「アプリケーション」へインストールする方が良いです。で、「アプリケーション」以外へ Firefox をインストールすれば問題が解消するということでしたら、OS に問題を抱えている可能性が高いでしょう。

で、最悪 OS を入れ替える前に、上から順番に対処してみる。[list][*]OS を一度セーフブート→通常起動してから Firefox が正常に動作できるかを確認。
[*]ディスクユーティリティ.app を使い、起動ディスクのディスクチェックとアクセス権を修復すると改善するかを確認。
[*]それでもダメな時は、OS をシングルユーザモードで起動し、fsck -fy を実行（[url=http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=106214]ディスクユーティリティおよび fsck を使用して、起動時の問題を解決する、あるいはディスクをメインテナンスする[/url]）、これで改善するかを確認する。
[*]OnyX などのメンテナンスユーティリティを使い、OS のメンテナンスを行ってみる[/list]これらで改善しなければ OS を再インストールした方が良いでしょう。

> ■対応
> ・なんどか再起動、firefox以外のアプリは起動しない。

でも

> クロムは別に問題なく動いてます

?

OS自体がおかしくなっている可能性が高いように感じます。
となると、OSの入れ直しでしょう。

突然firefoxがおちてしまって以来、正常に起動しなくなりました。
起動しても数分するとおちてしまいます。
以下の対応を試みてみました。

■おちたときの状況
・起動ver　3.6
・同時起動ソフト　PhotoshopCS3、IllustratorCS2、FlashCS3
・開いていたタブ　20個くらい
・接続していたもの　外部HDD、iPhone 3GS
・PC　MacBook Pro core i5　
・firefoxを3.5　ー＞　3.6にした直後から動作が不安定、セーフモードでしか起動しなくなった。


■対応
・一度firefoxをアプリから完全削除（ゴミ箱も空に）、その後再インストール（3.6）
・インストールするfirefoxのverを落としてみる。3.5を再インストール。
・アプリの設置先を別の場所に移動してみる。
・なんどか再起動、firefox以外のアプリは起動しない。


今でも全然思うように動かせません。
アドオンとか、firefoxの環境が個人的にとても好きなので、メインのマシンで
使えない状況が大変ストレスです。
なんででしょう？
iPhoneつなげてるときに、前もIllustratorCS3がおっこっちゃって、
以来立ち上がらなくて、なくなくCS2再度インストールしたんですけど。
ほんとに困ってます。
おかげでiPhoneはほとんど同期してません。怖くてつなげません。

firefoxの動作を見てると、何かどこか他のタスクが負担になっちゃってるんじゃないかとか
思うんですけど、クロムは別に問題なく動いてますし、
システムとかプログラムのところまでは、無知なので
歯がたちません。

どこをどう見たらいいんでしょうか？

うーーーーーん、助けてください。

今はfirefoxだけだけど、
そのうち他のアプリケーションやソフトにも影響が出る根本的なところに
問題があるんじゃないかなって思っています。

教えてください。

よろしくお願いします。