自己レスですが、.....
[quote="Ryo"]でも、『Firefox を起動する時』の設定で、Firefox の 挙動が変わるのは
不思議な感じもしますが。（もしかして 当方だけの現象だったりして f^_^； )[/quote]

新規プロファイルで試してみたところ、
Firefox の 環境設定 > 一般 > 起動 で、
『空白ページを表示する』、『ホームページを表示する』の何れに設定しても
リンクをクリックした際に、Firefox は 起動後、一度 空白ページ 或いは ホームページを表示し、
その[color=red][b]前面[/b][/color]に別ウィンドウで 新たに 所望のリンク先のページを表示する様になりました。

何らかのアドオンの影響だったかもしれません(^^ゞ。


ごま塩 さん も新規プロファイルで試されてみては如何でしょうか？ (^^ゞ

当方は、Leopard(Mac OS X 10.5)環境なので、
夜フクロウ(v 1.34)を使用しています。
また、メールソフトはThunderbird(v 3)を使用しています。

まず、確認したい事が有るのですが、
Firefox の 環境設定 > 一般 > 起動 で、
『Firefox を起動する時』の設定は、どの様に設定されていますか？
『ホームページを表示する』に設定されているのでしょうか？

当方は、その設定は『空白ページを表示する』に設定しています。
その場合、リンクをクリックした際に、Firefox は 起動後、一度 ブランクページを表示し、
その[color=red][b]前面[/b][/color]に別ウィンドウで 新たに 所望のリンク先のページを表示します。

ただ、『ホームページを表示する』に設定して試してみたところ、
Firefox は 起動後、一度 ホームページを表示し、
その[color=red][b]背面[/b][/color]に別ウィンドウで 新たに 所望のリンク先のページを表示する様です。
もしかしたら、開いているけど判らないだけと言う事は無いのかな(^^?

でも、『Firefox を起動する時』の設定で、Firefox の 挙動が変わるのは
不思議な感じもしますが。（もしかして 当方だけの現象だったりして f^_^； )

メールソフト（Macに最初から入っているもの）とか
ツイッターソフト（夜フクロウ）の文章に記載されているリンクをクリックすると、Firefoxが立ち上がりますが、クリックしたリンク先が表示されずに、ホームのリンク先が表示されます。
Firefoxが立ち上がっていれば、問題なく表示されます。
＊Mac OS 10.6.3
＊Firefox 3.6.3

以前は、このようなことはなかったと思います。
Firefoxを3.6.3にしたからなのかな。