回答どうもありがとうございます。
Firefoxには
基本的に許可で個別に拒否、だった挙動を、基本的に拒否で個別に許可、という挙動に変える、みたいな設定がけっこう用意されているようなので、
この部分も基本動作を変えられるのかなと思ったのですが
そういうわけでもないんですね。

できないものは仕方ないです。
どうもありがとうございました。

解決策ではなく、おまけにご質問の趣旨を汲み取れていないコメントかもしれませんけど......。

[quote="ユーザ"][b]初めて開くファイルタイプも含めすべてのファイルタイプ[/b]をあらかじめ
mimeTypes.rdfのNC:saveToDiskを"true"にしておくような？そういう
設定項目は用意されていますか？[/quote]
ご希望に合致しそうな設定項目は、ぼくが探した限りでは見つけられませんでした。
近いところでは、
http://kb.mozillazine.org/About:config_entries#Browser.
に、browser.helperApps.xxxxxx.yyyyy という項目が掲載されていましたが、
Firefox 3.6 で簡単に試したところ、いくつかはどうも機能していないようで、mimeTypes.rdf の内容が優先されている感じでした。（深くは検証していません。）

ご承知のように、Firefox はファイルの扱いを MIME Type で判別しています。
少なくともデフォルトでは、初めて扱うファイルタイプ（＝ MIME Type）については確認ダイアログが開きます。
ここで選択できる処理方法は「プログラムで開く」と「ファイルを保存する」の 2 種類あり、
「今後この種類のファイルは同様に処理する」をチェックせずに実行した場合、次回以降同じファイルタイプに遭遇したら、そのとき選択した処理方法がデフォルト値になって確認ダイアログが開きます。（これらの情報が mimeTypes.rdf に格納されているのはご存知の通りです。）
このことから、一度記憶させたファイルタイプに対しては、毎回確認のダイアログを出させて、かつデフォルト値が「ファイルを保存する」になっている状態を作り出すことは可能なんですが......。

極端な話、もし何らかの強制的な措置をして、ブラウザで処理するのが標準的なファイルタイプ（例：text/html、text/plain、text/css、text/javascript、image/jpeg、image/gif など）にまで、「保存」がデフォルトの確認ダイアログが開くようになったら、それはそれでうっとうしい気がしますし......。
最初からダウンロードすることが目的のファイルであれば、右クリックからダウンロードしてもいいかもですね。

ファイルをダウンロードする際に
「（ファイル名） を開く
　次のファイルを開こうとしています （ファイル名）」
というダイアログの「このファイルをどのように処理するか選んでください」という項目で
そのファイルタイプに対応するアプリケーションがあれば「プログラムで開く」が選ばれていますが
ラジオボタンの初期値を「ファイルを保存する」が選ばれているようにするにはどうすればいいですか？

[b]初めて開くファイルタイプも含めすべてのファイルタイプ[/b]をあらかじめ
mimeTypes.rdfのNC:saveToDiskを"true"にしておくような？そういう
設定項目は用意されていますか？

「プログラムで開く」のときのアプリケーションの候補はそのまま「（規定）」のものが第一候補に登録されていて

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