デスクトップ上のアイコンの位置等はFirefoxの範疇では無いですよ。
完全にOSの範疇なのです。
配列は全部OSが実行するので、Firefoxは無関係です。

さて・・・
提示した事案は実行されましたか？
実行したのなら、した「結果」を提示して下さい。

windowsの質問の場ではない事はわかってます。
Firefoxの設定方法に問題があるのか知りたかったんですけどね。

ありがとうございました。

此処はFirefoxの使い方に関するフォーラムで在ってWindowsに関する質問の場では無い事を意識して下さい。
ショートカットのデスクトップ上の配列はWindows自体の問題で、Firefoxの範疇では有りません。

さて本題。
デスクトップを右クリック～表示～「等間隔に整列」にはチェック入ってますか？
当方Vistaですが、7でも同じ筈と思いますが・・・

当方では「自動整列」はOFFで「等間隔」はONで位置固定可能ですが・・・
尚、並べ替えには何もチェックが入ってません。

デスクトップ上のショートカットを他のショートカットより下に移動させても、
再起動すると一番上に戻ってしまいます。

一番上はアイコン一つ分開けておきたいので、アイコンの自動整列
以外の解決策がありましたらご教示願います。

利用環境：SONY Vaio VGN-CS52JB
利用OS　：Windows7 Home Premium(64bit)

FirefoxはVer.3.5.7です。