ご指南ありがとうございます。

IEもChlomeも問題ありません。
再インストールも試しましたが、FF３．５だけです。

過去ログをろくに確認もしないで質問してしまいました。
いろいろとトライしてみます。

ファイルの種類（PDF や JPEG とか）に関係なく全てのサイトで発生しますか？またダウンロードファイル自体は存在するのでしょうか？

消えてしまうとかダウンロードされないということでしたらフォーラムの過去トピックに解決事例がありますが、それらの状況とは異なるのでしょうか？
[list][*][url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=8586]ダウンロードするファイルすべてが保存されなくなりました[/url]
[*][url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=7984][解決済み]ファイルがダウンロードできません[/url]
[*][url=http://forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?t=7512]ダウンロードマネージャーが機能してない？[/url][/list]などなど

Firefox 3.5 へのアップデート後の問題ということですので、次の方法で改善するか確認してみてください。
[list=1][*]Firefox を[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E3%82%BB%E3%83%BC%E3%83%95%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%89]セーフモード[/url]起動して、正常にダウンロードできるか
[*][url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%90%E3%82%B7%E3%83%BC%E6%83%85%E5%A0%B1%E3%81%AE%E6%B6%88%E5%8E%BB#__2]プライバシー情報の消去[/url]からダウンロード履歴を消去、その後正常にダウンロードできるか
[*]インストールされているセキュリティソフトが Firefox をブロックしていないか
[*]IE または Safari や Opera などのブラウザではダウンロード可能か[/list]
どうしても改善しない場合、Firefox の[url=http://support.mozilla.com/ja/kb/%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E7%9A%84%E3%81%AA%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%96%E3%83%AB%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0#_span_style_text_align_left_float_none_clear_none_class_noMac_span_span_style_text_align_left_float_none_clear_none_class_mac_span_]新しい新規プロファイル[/url]を作成、その環境で正常にダウンロードできるかを確認してみてください。

どなたかお助けください。
３．５にしたら、ダウンロード終了したデータサイズが０になってしまうようになりました。
ファイルサイズなどには関係なく、０（ゼロ）になってしまいます。
ちなみにヴィスタです。 :cry: