謎ですね。
発生するときと発生しないときとで、何か違いはありませんか？
たとえば IME がオンかオフかとか、IME なしでも発生するかとか。

Tab/Shift+Tab以外のキーは問題なさそうです。ファイル名の入力欄などで文字入力は問題なくできます。ファイル保存ダイアログ以外では Tab, Shift+Tab も問題なく動作します。

Vista は使ったことないのですが、XP ではそのような現象には遭遇したことがないです。
そのとき、Tab/Shift+Tab 以外のキーは効くのですか？

ためしにファイル保存ダイアログが表示された後 10 秒間ほど放置した後に、Tab キーでのフォーカス移動を行ってみたのですが、やはり同様の現象が発生しました。ちなみに今回のテストは Vista で行いました。Vista でも同様の現象が発生するようです。キーボードを多用することもあって、この挙動はちょっと残念ですねー……。Firefox 2 系ではこういうことがなかったと思うのですが。

こちらの WinXP では、ファイル保存ダイアログに限ったことではないですが、アクティブなウィンドウが切り替わった際に、そのウィンドウにキーで入力できるようになるまでに、なぜか数秒間かかります。
その数秒間のうちにキーを押すと、言われているような現象が発生します。
キーを素早く押せばその数秒間に押すキーの回数が増えますし、ゆっくりなら減りますので、回数は一定しません。

ファイルの保存を選択した場合に現れる「保存ファイル名を入力してください…」において、Tabキー、および Shift-Tabキーを押した時の挙動がおかしい時があります。
このダイアログでTabキーを押した時には

保存する場所 (I):
直前に表示したフォルダへ移動
最近使ったファイル
(フォルダビュー)
ファイル名 (N):
ファイルの種類 (T):
保存 (S)
キャンセル

をリング状に移動すると思います (最初はファイル名 (N): にフォーカスされています) 。が、数度 Tab (Shift-Tab) を押さなければ次の場所にフォーカスが移動しない場合が多発しています。移動するのに必要な Tab キーの押下数が固定であればまだ良いのですが、数十回試行してみた結果、全くのランダムのようです。

ほかの皆様の環境では再現するでしょうか ? こちらでは 2 台の Windows XP にインストールされた Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; ja; rv:1.9.0.5) Gecko/2008120122 Firefox/3.0.5 で再現しております。[/list]