残念ながら、その情報だけでは原因を探るのは難しいです。
やはり、そのおかしい状態のものをまるごと見てみないと。


「firefoxのadd-onの不具合？」では、ブックマークに問題が出るとは書かれていません。
最初からインストールすることでブックマークが失われるのでしょう。

新たな状況がわかりました。追加のご報告です。

１．「エラーコンソール」を見ましたら、このような記述がありました。

e.location.getItemLocation(e.id) is undefined.
ｆｉｌｅ:///F:/FirefoxPortable/App/firefox/components/nsExtensionManager.js
Line: 4007

ファイルをエディタで開きましたら、4007行目には以下のようにありました。

var itemLocation = e.location.getItemLocation(e.id).QueryInterface(Ci.nsILocalFile);

　すいません、これ以上わからないのですが、「nsExtensionManager.js」ファイルの作成日時・更新日時はともに「2008‎年‎5‎月‎29‎日、‏‎23:24:10」となっているので、このファイル自体が書き換わったとかそういう状況ではなさそうです。

２．不具合発生後も、Vistaでは正常動作します。

XPで不具合が起こった後も、Vistaで動作させると正常に動作します。
エラーコンソールを見ても、エラーは出ていません。

３．「firefoxのadd-onの不具合？」とは状況が違います。

私のほうでは、ブックマークは問題なく動作しています。　

状況が同じかどうかはわかりませんが、firefoxのadd-onの不具合？が似たようなことを言っています。

わかりにくい質問で失礼しました。
Fx2とFx3は、それぞれ別々に動作させています。一つのプロファイルを両方で使うことは完全にないです。
問題の起きる場面は、以下の二通りです。

１．Fx2PortableをVistaで動作させた後に、XPで動作させる。

Fx3とは無関係に、アドオンが無効化される現象が発生します。

２．Fx3PortableをVistaで動作させた後に、XPで動作させる。

Fx2とは無関係に、アドオンが無効化される現象が発生します。

解決方法がわからなくても、「自分も同じ環境でテストしても現象は起きていないよ」とか「確かに同じ状況になる」とか、そういう情報だけでも、あればうれしいです。

Firefox 2と3両方をお使いのようですが、プロファイルはそれぞれ別個に作っていますか？
もし一つのプロファイルを両方で使っているとしたら、不具合がおきます。

Firefox2用と3用の2つを作って使い分けてください。

　標記の件、Fx2.0.0.14とFx3rc2にて起きている現象です（というより、半年ぐらい前より、記憶あるすべての場合において起きています）。
　いつ、どこで設定したかを問わず、一度Vista（Business）で使うと、以降、XP SP2で使う際に、アドオンがすべて無効化？されてしまいます。一度この状態になると、アドオンの削除、再インストールができないため、プロファイル？を作り直さなければなりません。

　自宅および出先などで、Vista及びXPそれぞれを使うため、非常に困っております。
　同様の現象で悩まれた方、または、アドバイスを頂ける方より、解決方法をいただければと思います。

　よろしくお願いします（Firefox Portableのサポートフォーラムが英語だったため、こちらでお伺いいたします）。