こんにちは
本件ですが、以下のように発生しなくなりました。

ソーシャルブックマークのアドオンswimmieが入れてありました。
これを無効にしたところ、何故かツールバーの編集が保持されるようになりました。

このswimmie、他にも「ページを名前を付けて保存」を選択しても何も動作しなく
なるという不具合も引き起こし、やはり無効にしたところOKになりました。

皆さんもお気をつけ下さい。

[quote="pal"]Firefoxを起動していない時に、プロファイルフォルダ内にあるlocalstore.rdfを削除して、やり直してみてください。

プロファイルについては下記参照のこと。
http://www.mozilla-japan.org/support/firefox/profile

それから、テーマはデフォルトのものでしょうか？
デフォルト以外のものでしたら、デフォルトのものに戻してお試しください。[/quote]

palさんコメントありがとうございます。
プロファイルフォルダ内にあるlocalstore.rdfを削除してみましたが、ダメでした。
新たなlocalstore.rdfが生成されており、3kbとだいぶサイズが小さくなっています。
（削除したほうは、21kbでした）

あと、テーマはデフォルトのものを使っています。
また、アドオンは以下のものを入れています。（一覧の表示方法が不明のため
覚えている範囲で。）
　・Tab Mix Plus
　・User Agent Switcher
　・Live HTTP Headers

Firefoxを起動していない時に、プロファイルフォルダ内にあるlocalstore.rdfを削除して、やり直してみてください。

プロファイルについては下記参照のこと。
http://www.mozilla-japan.org/support/firefox/profile

それから、テーマはデフォルトのものでしょうか？
デフォルト以外のものでしたら、デフォルトのものに戻してお試しください。

ツールバーのカスタマイズ（ツールバー上で右クリック→カスタマイズ）画面で、
アイコンを追加・削除を行なうと、一旦は画面に反映されます。
ところが、Firefoxを終了して起動し直すと、元に戻ってしまいます。

おかげで、インストール時のものしか表示されません。
ブックマークなどはよく使うので表示させておきたいのですが、、、

バージョンは2.0.0.6で、おそらく最近これが入ったときからNGになった
ようです。それまで（2.0.0.5まで)は問題なかったです。

Firefox: 2.0.0.6
OS : Windows XP Home Edition Ver 5.1 SP2