サイドバーでドラッグ＆ドロップができないなら、「ブックマーク」タブの「ブックマークの管理」を開いてそこでやってはどうですか。そこならドラッグ＆ドロップができると思います。

並べ替えはドラッグ＆ドロップでできます。

通常起動時でだめならセーフモードで確認してみてください。

ＯＳはＭＥなんですが
Ｆｉｒｅｆｏｘ２に変更した時、ＩＥ６からブックを入れました
ただ、順番が、ＩＥ６と違いバラバラなんです

それで、私は通常、サイドバーを使用しており
順番を変更したいんですが
話を分かりやすくする為に、まず
フォルダーに入れてないブックを“裸”と表現しますが
ブックと言ってもフォルダーに入ってる物と
裸のが、あります

フォルダーに入れてあるものに関しては
名前の変更等で、ある程度自分の好きな(？)順番に、なりました
しかし、問題なのは、裸の状態で
フォルダの間に置いてたブックなんです

これは、ＩＥ６だとサイドバーの中で
トラックすれば、フォルダでも裸でも、好きな場所に移動出来ましたが
Ｆｉｒｅｆｏｘだと、それが出来ません
ただ、ＨＰ内にはドラックで可能と書いてあるんです
http://www.mozilla-japan.org/support/firefox/2.0/tutorials/bookmarks

これは何か、私の設定か、方法が悪いのかが分からないんです
ただ、裸で、あってもフォルダにはドラックすれば
入るんですが…
ただ、私も“並べ替えなし”をクリックすれば
サイドバーでドラックでの“移動”は出来るのを確認しました

しかし、そうすると、それ迄
名前順で並べてたブックまでが
順番がバラバラに、なる為、余計に大変に、なりました

これが“並べ替えなし”をクリックした時
それ迄、並べてたブックが、そのままで
移動したいブックだけを動かせるなら有難いんですが…
それがＦｉｒｅｆｏｘの機能的な部分で何とかならないかと
思ったんです

ただ…どうしてもムリなら
“並べ替えなし”の設定で毎日の様に根気良く(？)
順番を手動で入れ替えて、作業を、するしか無いと思うんですが
ＩＥ６の様に、ある日、突然順番が変わったら
整理した、それ迄の苦労(？)が
ムダに、なると思うんです

その場合なんですが
ＩＥ６の場合、整理してる途中でも
中断して保存すれば、順番が保存され
復元出来ると聞きました
http://journal.mycom.co.jp/column/winxp/107/
http://pc.nikkeibp.co.jp/article/NPC/20060525/239090/
これと同じ様な方法があれば
例え順番の入れ替えを途中で中断してから
変更に、なったとしても元に戻せると思うんですが…

どうやったら良いんでしょうか？