Firefoxを起動していない状態で。
ブックマークはプロファイルフォルダにあるbookmarkbackupsフォルダ内に残っているはずです。
ブラウザで中身を確認して、それをbookmarks.htmlと改名、元からあるbookmarks.htmlファイルと入れ替え、Firefoxを起動してみてください。
http://www.mozilla-japan.org/support/firefox/profile
・アドオンは残っているが、設定情報はデフォルトに戻っている
・ツールバーの配置などがデフォルトに戻っている
上記については、改めて設定しなおせばいいのでは?