ちなみに私の使い方としては、InboxZeroを実践しようと思って次のようにしています。
・おおざっぱに社内、社外、メルマガ等のカテゴリでフォルダに振り分けし、それぞれカテゴリ名でタグ付け
・各フォルダ内に、検索フォルダを5つ（New!,Respond,Action,Hold,Waiting=RAHW)と、保存用フォルダを１つ（Save)作り、NewはRAHWタグが付いてなくて10日以内に受信のもののみ、RAHWは各タグが付いたもののみ表示させる
・RAHWタグとSaveタグは受信時に手動で付ける
・メールは2週間過ぎるかSaveタグが付いていたら、自動巡回時に各カテゴリの保存用フォルダ送り
という感じです。
フォルダ分けをしないで全部タグにすれば簡単なのですが、そうするとWebメールで見たときにわけわかめになるので・・・
あとIMAPで使っているとThunderbirdでタグ付けしてもメールヘッダを書き換えてくれないようなので、タグ情報が何かの弾みで消えるのがこわいです。

いろいろ試していますが、どうもコレというのがありません。
うまい組み合わせをご存じの方、教えてください。
＜条件＞
１）特定のヘッダ名の一部の検索（Toヘッダのアドレスの一部とか）、ヘッダと本文を一括して検索、添付ファイル名の検索ができる。
２）複数の条件を簡単に指定できる。
３）複数フォルダ対象とする。
４）インクリメンタルかつインデックスで高速検索。

＜ためしたもの＞
・標準の簡易検索
２）３）がNG。メッセージ数が多いと遅い。

・標準の「メッセージを検索」
１）２）３）はよいが、条件指定がめんどくさいのと、遅い。

・googleデスクトップサーチ
１）のうちヘッダ指定がNG。
どこのフォルダにあるメッセージかが分からない。
（「Thunderbirdで開く」でも別ウィンドウで開いてくれちゃうので、どこのフォルダかわからないのは同じ）
ブラウザが開くまでに時間がかかる＆メッセージによっては文字化けする。
Thunderbirdアドオンとして一体化してくれれば・・・

・Seek（アドオン）
１）２）４）はよいが、３）がNG。（複数フォルダ検索する設定があるのでしょうか？）
あと、ショートカットボタンが見あたらないのでCtrl+Kを押すかツールメニューから表示させるしかない。
かといって出しっぱなしだとでかい。
３）さえ何とかなれば・・・

よろしくお願いします。