自己解決しました。荒らしてすみません。
直接の原因は最新版はtreeフォルダを消すと、構成ファイルが自動的に生成されないためです。
操作としては、
一時的にFirefoxとScrapbookをダウングレードさせて、構成ファイルを作ります。
そうすると、アップグレードしてもHTML出力ができました。

HTML出力で保存してスマホ等から見ていたんですが
半年前から作成ウィンドウの開始というボタンを押しても
空のtreeフォルダしか作成されなくなり、困ってます。
自分でも調べてみましたが、これという情報は見つかりませんでした。
どうかよろしくお願いします。

環境：
Windows・Linux版
Firefox 20.0.1(症状はこれ以前から進行中です)
Scrapbook 1.5.6