回答が遅くなって済みません。
MozillaのFAQにしたがい、ThunderbirdとFirefoxの関連づけをやり直したところ、とりあえずリンクをクリックするとFirefoxが立ち上がるようにできました。ただ、左クリックではなくて中ボタンで開くようになってしまいましたが・・・

Thunderbrowse の導入時にセットアップウィザードが立ち上がったはずで、挙動そのものは
そのウィザード（ Firefox でも IE でも指定可）で「デフォルトのブラウザで開く」ように指定されたのか、
後でオプションメニューから設定変更をされた結果だと思うのですが。

で、どのようにセットアップされているのか以下の方法で確認、設定してみて下さい。

（１）Thunderbird のステイタスバーに表示されている Thunderbrowse アイコンを右クリック
（２）Quickアクセスメニューから Options を選択
（３）該当する項目を設定変更する

該当するのではないかと思われる項目
・Enable javascript
・Path to custom browser launch （leave blank if you want to use the system default）

また Mouse functions タブも確認してみて下さい。

thunderbrowse3.2.1を導入しましたが、挙動がおかしいです。
・javascriptが有効にならない。
・左クリックするとデフォルトブラウザで開こうとする。（本来はthunderbrowseのブラウザ内で開きたい）
・中クリックしても何も起こらない。
・thunderbird本体のブラウザ上で右クリックするとメニューが出るが、New Windowを開いてそこで右クリックすると新たなWindowで開こうとする。
改善するにはどうすればいいのでしょうか？

なおthunderbirdは2.0.0.12(win)、ホームページはiGoogle
(http://www.google.co.jp/ig?hl=ja&source=iglk)に設定しています。
about:configで見ると以下の部分が変わっています。
extensions.tbrowse.autocomplete f
extensions.tbrowse.dojavascript t
extensions.tbrowse.firstimerun f
extensions.tbrowse.fullscreen f
extensions.tbrowse.gourlforward (null)
extensions.tbrowse.loadother t
extensions.tbrowse.middletabs t
extensions.tbrowse.tabswitch t
extensions.tbrowse.winkey b

以下はデフォルトのままです。
javascript.allow.mailnews f
javascript.enabled t
javascript.options.showInConsole t
javascript.options.strict f
network.protocol-handler.external.javascript f
security.enable_java t
以上


[color=darkred]# 内容から拡張機能の話題と見受けましたので「Mozilla Thunderbird」フォーラムから
　　「拡張機能・テーマ」フォーラムにトピックを移動しました。
　　（by Premier）[/color]