※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、Firefox のバージョンだけでなく、OS の種類やバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。珍しい事例のように思います。
【テスト】当方、Windows 7 SP1 64bit + Firefox 48.0 (32bit) の環境で、ご提示のアドオン Safe for Amoled 0.9.4 をインストールして試してみました。
テスト用の新しいプロファイルを作り、初期設定のままの Firefox 48.0 に、Safe for Amoled だけをインストール。Google 、本フォーラム、AMO 、Yahoo! の天気予報、新しいタブ（about:newtab）の計 5 カ所を訪問し、新しいタブを除くそれぞれのサイト内のページ（平均 3 ページ）を遷移して表示しました。
Web ページ（Content 要素）は Safe for Amoled の働きで暗色化されていますが、Firefox のユーザーインターフェイス（UI / Chrome 要素）に異常は認められませんでした。
（Web ページの暗色化は、大幅に可読性を損なうページが多く、このアドオンを削除なさった理由がわかったように思います。）
その後、アドオンマネージャから Safe for Amoled を [削除] し、Firefox を意識的に再起動してから、前に見たサイトを表示してみましたが、ご質問にあるような表示不具合はいっさい起こりませんでした。
（考察）
Safe for Amoled をインストールしたとき、Firefox の設定ファイル（prefs.js）には、Safe for Amoled のインストール情報程度が書き込まれますが、Safe for Amoled をアンインストールするとその設定情報は消えていました。Safe for Amoled が Firefox 本体の設定項目をあれこれ変更するようなことも発見できませんでした。Windows レジストリに Safe for Amoled の情報が書き込まれた形跡も見当たりませんでした。
Firefox 48.0 から、一定の条件を満たすユーザー環境でマルチプロセス機能が有効化されます。実際は極めて小さい割合の条件下でしか有効化されませんが、試しに強制的に有効化した上で、Safe for Amoled のインストール／アンインストールを試しました。しかし、結果は異常なしでした。
自分はプログラミングの知識を持っていないので Safe for Amoled のソースコードを読み解く能力はありませんが、JavaScript で構成されバイナリ―コンポーネントを含まないアドオンであることぐらいはわかります。なので、バイナリ―コンポーネント（EXE や DLL）がどこかに残り続けて影響を与えることも考え難く、Safe for Amoled をアンインストールすれば、普通ならその影響は完全に排除できるように思われます。
tkrget01 さんも、「それなのに……」と悩んでおられるのだとお察しいたします。
【アドオン（拡張機能）の観点から】一般論として、アドオンを入れたことで Firefox の表示がおかしくなることはたまにあります。しかし、アドオンをきちんとアンインストールしたことで、元々なかった不具合が生じるケースは、ほとんど見かけません。
アドオンの作りによっては、一定のリセット作業をしてからアンインストールという手順を求められるものがあります（ありました？）が、Safe for Amoled はそのような手順は必要なさそうです。
Safe for Amoled は、表示した Web ページの明度や色味をコントロールするのもののようですが、tkrget01 さんのところではアンインストール後の表示不良が、Web ページの内容が表示されるコンテンツエリア（Content 要素）だけでなく、ツールバーやタブバー、右クリックから開くコンテキストメニューなど、Firefox の UI（Chrome 要素）にもおよんでいる点が不可解です。
Safe for Amoled の詳細は存じませんが、サイトの説明をざっと見ると、有機 EL パネル向けに作られたもののようで、主なターゲットは Android 版 Firefox のようです。デスクトップ版でも使えますが、制約がありそうです。
この点で、タッチパネル式のタブレットモードが使えるらしい Windows 10 では、Windows 7 などとは違う振る舞いがあったりするのかもしれません。しかし、Windows 10 環境のないぼくには、実地に確かめる術はありません。
ご存知のように、通常はアドオンに問題が起こっても、新しく作成したプロファイルで起動すれば、アドオンが何も入っていないまっさらな素の状態で Firefox は動作します。もし、常用プロファイル内に表示不良の原因があったとしても、それが存在しない新しいプロファイルでは問題が起こらないはずです。
ところが、
tkrget01 さんが書きました:
いくつかテーマを変えてみたりプロファイルを新たに作り直すなどもしてみましたが改善せず。
とのことですから、アドオンを入れていたプロファイルに何らかの原因が発生していた、という見通しが立たなくなります。
（補足）
ぬかりはないと思いますが、念のため。
新しく作成したプロファイルには、既存の常用プロファイルからどんなデータも移行（コピー）せず、生成されたまっさらな状態で表示に関する動作を確認なさっていますよね。
万一、既存のプロファイルからコピーしてきたデータがある場合、そのデータに原因が潜んでいれば、同じ問題が新しいプロファイルでも再現されます。いずれ新しいプロファイルに引っ越すとしても、最初は点検・診断のため、まっさらな素の状態で確認してください。
tkrget01 さんが書きました:
いったんプロファイルをデフォルトにし、FireFoxをリフレッシュしましたが治りませんでした。
上記とも関連しますが、「プロファイルをデフォルトに」というのは、新しいプロファイルを作成してそちらで起動したという意味でしょうか。
「リフレッシュしました」は、[トラブルシューティング情報] から [Firefox をリフレッシュ...] を実行なさったのだと思いますが、この機能は既存のプロファイルにある一部のデータを引き継ぎますので、もし引き継がれたデータに原因が潜んでいたら、リフレッシュ後にも不具合が再発することがあります。軽度のトラブルならリフレッシュで改善できることが多いですが、複雑な問題の場合はリフレッシュでは改善しないこともあります。
tkrget01 さんが書きました:
そこで、FireFoxをアンインストールし、%APPDATA%\Mozilla\Firefox ディレクトリを削除し、改めてFireFoxをインストールしましたが現象は変わりませんでした。
プロファイルに原因が見当たらない場合、Firefox のプログラム本体に障害が起こっている可能性が出てきますが、小さなアドオンのインストール／アンインストールでプログラム本体がダメージを負うメカニズムがどうもわかりません。
再インストールでも改善されなかったという結果は、Firefox のプログラム本体に問題が起こり続けている可能性よりは、Firefox 本体とプロファイルの他に原因が潜んでいる可能性を示唆している、と考えた方が現実的な気はします。
【その他】Firefox 本体のアンインストール／再インストールを実行したり、適正な方法で新しいプロファイルの動作を確認しても、同様の症状がくり返されるなら、原因は Firefox やアドオンとは関係ないところにあるのかもしれません。
都合のいい解釈になってしまいますが、問題のアドオンをアンインストールした同時期に、たまたま別の原因が発生して本件の問題が起こり出したという見方も、頭から否定しないほうがいいかもしれません。まあ、アドオンに思考を引っ張られ過ぎ、原因究明の視野が狭くならないために、という意味ですが...。
・「セーフモード」での動作点検はおこなわれましたか。まだなら、新しいプロファイルを試しているから必要ないなどといわずに、一度は試してください。アドオンまわり以外に、いくつかの設定条件を無効化して起動してくれます。「セーフモード」と「新しいプロファイル」での動作を比較することで、何か見えてくる場合もありますから...。
・ユーザーが意識して排除しない限り、再インストールや新しいプロファイルでも影響を与えてくるものに、プラグインがあります。
アドオンマネージャの中に、拡張機能、テーマと並んでプラグインがありますが、性質的にプラグインだけは別物です。原則的にプラグインは、インストールディレクトリやプロファイル内には存在せず、他所にあるプラグインの実体を読み込むので、新しいプロファイルでもそのまま読み込まれます。（Firefox 内蔵のものは、新しいプロファイルでも自動的に生成されます。）
すべてのプラグインを手動で無効化してから Firefox を再起動して、表示状態を点検してみると、何か変化はありますか。
原因の見当がつけられないまま、あれこれ書いて申し訳ありませんが、以上です。
せめて、何かのヒントや考えを整理する足しぐらいにはなればいいのですが...。
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