[b]通りマンさん
[/b]
受信トレイのフォルダーのプロパティで
「このエンコーディングをフォルダ内のすべてのメッセージに適用する（各メッセージのテキストエンコーディング指定や自動判別結果は無視されます）」のチェックを外すと正常に表示されるようになりました。

上記のメッセージの存在も知らないしチェックを入れた覚えはありませんのでヴァージョンアップで入ったものと思います。
ありがとうございました。

[quote="tosri"]Linuxなので表示のテキストエンコーディングはUnicode（U)、自動判別日本語（J)が通常選択されております。
しかし表示のテキストエンコーディングで日本語（ISO-2022-J)(N)を選択すると日本語に表示されます。
[/quote]
自動判別を日本語（解除以外）にしている場合は、自動判別した結果がUnicodeになったということです。
そしてUnicodeとして見た時に文字化けして、ISO-2022-JPとして見た時に文字化けしないということは、自動判別が間違ったという可能性が考えられます。
まず考えられる原因として、メールのContent-Typeフィールドに書かれているcharsetが間違っている可能性がありますが、そこは何になっていますか？
また、フォルダーのプロパティでフォールバックテキストエンコーディングを有効にしてしまっていませんか？

[quote="tosri"]
メッセージのソースを見るとUTF-8の場合は正しく日本語で表示されます。
[/quote]
ISO-2022-JPにした時に文字化けしないのに、ソースではUTF-8で正しく表示される？……こちらは状況が理解できません。

Xubuntu 16.04 Thunderbird 45.5.1を使用しております。
いつからかわかりませんが、最近文字化けが起こります。多分Thunderbird 45.5.1の前のバージョンでは正しく表示されてたはずです。
件名、差出人、送信日時の枠は正しく日本語で表示されます。
本文の差出人は正しく日本語で表示されます。
件名、本文は文字化けして全く読めません。

Linuxなので表示のテキストエンコーディングはUnicode（U)、自動判別日本語（J)が通常選択されております。
しかし表示のテキストエンコーディングで日本語（ISO-2022-J)(N)を選択すると日本語に表示されます。
メッセージのソースを見るとUTF-8の場合は正しく日本語で表示されます。

このようなことはWindowsでは起こらないと思います。但しLinuxよりWindouwsで受け取るとどうなるかわかりませんが
日本語（ISO-2022-J)を自動的に表示させる方法はありませんか