Firefoxのメジャーアップデートに伴う問題ならば、アドオン作者の対応以外は有りません。

prefs.js（about:config）の案件ですが、以下の文字列で検索をすれば判明します。
{E0B8C461-F8FB-49b4-8373-FE32E9252800}

aides様、

情報ありがとうございました。

addonのレビューに同じ問題が書かれていました。
これを見て対応を考えるのはaddonの作者側だと思いますが、この問題はaddon側にあるのか、Firefox側にあるのかどちらでしょうか。

私の場合、他のアドオン（ video download helper ) でもボタンがツールバーに登録できない（登録してもすぐに消えてしまう）ことがありました。ブックマークバーに配置すれば消えることなく安定しました。
他に報告がなく個人の環境の問題かと思っていましたが、今回また別のボタンが登録できなくなり、Firefox側にもなにか問題点があるのではないかと思いました。


また、
prefs.js のどの行に設定が書かれているか、もしわかればお教えください。

* Evernote Web Clipper :: Add-ons for Firefox
ですね？
レビューにも不具合報告が確認されて居ます。
対応待ちでしょう。

一応ツールバーのカスタマイズの設定はprefs.js（about:config）です。

アドオンの " Evernote Web Clipper " をインストールしました。
このアドオンのボタンをツールバーに配置しようと、メニューボタンのカスタマイズからボタンをツールバーに配置しましたが、次回起動後にはこのボタンが消えてしまいます。
ツールバーでなく、ブックマークバーに配置しても同様に消えてしまいす。


原因として何が考えられるでしょうか。何か対処の方法はありますでしょうか。
また、このカスタマイズの設定はどのファイルに保存されているかわかればお教えください。

よろしくお願いいたします。